Está ubicado en un inmueble que data de 1794, construido como Hospital Real por orden del Gobernador de la Provincia de Coahuila y Texas, don Antonio Cordero y Bustamante. Dicho hospital entró en funciones en 1804 y, posterioremente, en 1811, fungió como cárcel del ejército insurgente y del cura de Dolores, don Miguel Hidalgo y Costilla, después de la emboscada de Baján.
A principios del siglo XX funcionó como hospital de sangre y como cuartel de las fuerzas constitucionalistas. Los trabajos de remodelación y acondicionamiento como museo se llevaron a cabo en 1992 bajo la supervisión del arquitecto Antonio Harb.
Fue abierto al público el 4 de mayo de 1993 y remodelado nuevamente en 1999 con fondos del Programa de Apoyo a la Infraestructura Cultural de los Estados (Paice) de Conaculta, y bajo la supervisión del arquitecto Carlos Velázquez.