Francisco Fagoaga y Arozqueta heredó de su padre, Francisco de Fagoaga Yragorri el cargo de Apartador General de la Nueva España. El apartado de Oro y Plata fue un establecimiento industrial donde se molían y fundían las barras minerales provenientes de las minas. Tras fundir y separar el oro de la plata en forma de barra se devolvía al dueño, quien lo llevaba a la Casa de Moneda para su amonedación. Y heredó de su madre, doña María Josefa Arozqueta de las Heras Alcocer, una Casa Mercantil de importaciones y exportaciones. En 1772 recibió don Francisco Fagoaga y Arozqueta el título de Marqués del Apartado por el monarca Carlos III. El Marqués le encomendó al Maestro de Arquitectura de la Academia de San Carlos, don Manuel Tolsá, la construcción de su palacio a unas calles de la Plaza Mayor, hacia 1796.
Con el tiempo, el edificio fue modificado para las oficinas de la Secretaría de Justicia e Instrucción Pública y otras más, pero las excavaciones arqueológicas dejaron al descubierto la escalinata del Coateocalli, Casa de la Serpiente.